不堪忍受奥林匹斯众神残暴压迫的阿戈斯国王亚克里斯奋起反抗，对至高无上的神明大为不敬。在冥王哈迪斯的怂恿下，天神宙斯决定对愚蠢的人类施以惩罚。遭遇海难流落到阿戈斯的青年珀修斯是宙斯和亚克里斯的皇后生下的半神，他亲眼目睹哈迪斯所施下的恐怖神迹，并得知哈迪斯将释放北海怪兽克拉肯惩戒世人，除非亚克里斯将美丽的公主安德鲁美达作为牺牲献给众神。在女神爱娥的点拨下，珀修斯知晓了自己的身世与使命，于是决定启程杀死北海怪兽并摧毁哈迪斯的阴谋……

金刚王（释延能 饰）有这一段悲惨的童年遭遇，年幼的他遭奸人拐卖，被卖到了日本的哈迪斯神社，在那里，等待着金刚王的，是充满了鲜血和汗水的残酷训练，目的只有一个，那就是将他塑造成为令人闻风丧胆的冷酷杀手。 　　金刚王成功了，练就了一身技艺的他最终成为了组织内部的第一杀手，之后，金刚王借机逃回中国，并遇见了南少林宗师，放下屠刀立地成佛。没过多久，哈迪斯组织就在南少林的脚下建立起了一座高大的客家土楼，在那里，有着三个传说级别的擂台，各地高手汇聚于此，一争高下。然而，日方真正的意图，其实是从精神上摧毁中国人民抗日的

本作讲述的是距《圣斗士星矢》本篇所处年代的243年之前，上一代圣战的故事。出场人物有本篇登场的黄金圣斗士童虎和史昂、这个时代的天马座圣斗士·天马、天马的挚友·被哈迪斯选中为转生体的亚伦、雅典娜的转生·萨莎（ND里未登场） 等，故事以他们为中心而展开。