羽翼年代记第二季故事讲述玖楼国的公主小樱拥有跨越时空的能力，和她在一起的小狼则是一个继承父亲遗志的考古家。英俊的小狼充满正义，勇敢刚强。把小樱视为生命里最重要的人。他们遭到不明身份的野心家狙击。小樱因

在沙漠城市玖楼国，少年小狼多年前，跟随养父考古家藤隆来到这国家，希望发掘该国的翼形遗迹，以解开玖楼国的历史之谜。小狼因此认识了玖楼国中的各人，包括与他青梅竹马的小樱公主。二人一直互相心仪，但小狼碍于身份问题，一直不敢表白。藤隆辞世后，小狼继承父亲遗志，继续挖掘和研究工作。为了拯救小樱，小狼带着小樱与新结识的法伊和黑钢踏上了在不同次元甚至不同时间寻找羽毛的征程，而飞王也在密切关注着事情的进展。只是主人公四人不会想到，这一切的一切，都是一个巨大的阴谋。

为了拯救失去了全部记忆的爱人小樱，小狼抱着必死的决心来到了次元的魔女那里。\n魔女告诉了能救小樱唯一的办法就是找回所有飞散到异世 界的小樱的记忆的羽毛。\n为了实现小狼的愿望需要对价，魔女要求的对价就

　　从色雷斯国找到了自己的过去的法伊，一行人在黑钢牺牲了一只手臂的情况下，仍然没有躲过飞王的陷井，来到了“日本国”。在日本国，小狼为了小樱的羽毛和星史郎起了激烈的冲突。就在这场激烈的战斗中，小狼被羽毛

樱一行人在法伊的魔法帮助下来到一个新的国度——东京，这里一片荒凉废墟，经常下酸雨，人们为了水而争战，这个地区只有两个地方有水，一个是都厅，一个是东京铁塔，双方对立。\n一行人和神威一方在一起，樱陷入沉