影片讲述了一个两位朝廷重将围绕皇权相互进行较量的故事。皇上将車将军派去掌管著名的水底秘密基地。軟公公派出杀手犯案，潜入基地，而車将军则试图找出刺客，瓦解軟公公的阴谋。两方势力围绕水底秘密基地展开了一场精彩的博弈。身为两颗棋子的拾七和塘方，既是敌人又是姐妹，背后的恩怨情仇由此揭开。

真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗──在激战的彼端，等待着他的是……