故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。

因为在风祭流传着未确认生物的情报，以及超自然的现象之类的似真非真的传闻。瑚太朗向超自然研究会的部长，千里朱音的求助，于是展开了涉及到瑚太朗认识的学生们的调查。对于瑚太朗来说，原本只是抱着一点冒险心态而已。只要能和热闹的伙伴们一起度过的话，这样就足够了。但瑚太朗还没有注意到，他将要探求那无人知晓的“真实”。

由漫画家五十岚三喜夫创作的人气作品《暖暖日记》是一部光看画风就让人觉得治愈有趣的漫画，主人公是名为暖暖的海獭，故事则在各种无厘头的搞笑间讲述一些哲学道理，这样的设定而引发了很多关注并赢得了好评。

首都·东京，为迎接峰会举办而急速进行着的「宇宙天梯计划」。为专门应对使用了"强化装甲u003CWill Wearu003E"的犯罪行为而创设的，警察厅警备局第五特别公安课第三机动强袭室第八课——通称u003C第八u003E。u003C第八u003E因从LOGOS的恐怖行动的獠牙中拯救了日本，现今是沐浴于全日本的注目之下的存在。然而，恶用u003CWill Wearu003E的犯罪数量，在那之后依旧日日攀升……。迎接了新成员的黑骑与第八的各位，今天也是用智