自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉

元朗CID脂粉刘及串烧伦被派往调查两名基佬被杀案，为搜寻有关线索，被迫扮成基佬，入住基佬大厦，往基佬吧流连。脂粉刘巧遇少女波波，约她返家晚饭之际，波波被Billy拉着离开，被脂粉刘所阻。却原来波波一直被迫为毒贩做事，藉带团赴泰国，利用团友携带回之木雕暗藏白粉，被杀的基佬亦因此事受害，波波正被迫追寻另一失落的木雕。波波被误为吃里扒外，被Billy挟持，刘与伦亦被捉，始知基佬被杀案为毒贩所为。三人摆脱捆绑，并勇擒匪徒，破毁毒巢。