剧中捷德奥特曼将会与赛罗奥特曼，欧布奥特曼和伽古拉斯·伽古拉等同伴一起对战毁灭全宇宙的最邪恶兵器——巨大人工头脑吉尔巴里斯以及它的加拉德隆军团。

故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。

中学时代是每个人最青春热血的时期，亦是最迷茫的时期。看似无忧无虑，但青春期的躁动，令每个人都有着无法说出的烦恼。初出茅庐的女辅导心理学家Miss Wong（王灏儿饰演）加入本我学院，接触一班有着各种青